Er war ein aufgeweckter Gelehrter, der offen war für neue Dinge. P. Athanasius ist ein beredtes Beispiel dafür, dass einerseits Glaube und Vernunft, Religion/Christentum und Wissenschaft zusammengehören und nicht voneinander zu trennen sind. Andererseits kann an P. Kirchner abgelesen werden, dass die katholische Kirche keineswegs wissenschaftsfeindlich war und ist. Gerade im katholischen Christentum findet jedes (natur-)wissenschaftliche Forschen seine höchste Form und Vollendung.

Seinen ersten grundlegenden Unterricht erhielt Athanasius Kirchner von seinem Vater. Dieser war Doktor der Philosophie und Theologie und besaß zudem eine umfangreiche Bibliothek. Mit  10 Jahren kam Athanasius nach Fulda an das dortige Jesuitengymnasium, wo er von einem Rabbiner Hebräisch-Unterricht erhielt. Die Philologie sollte in seinem späteren Leben als Professor und Forscher eine wichtige Rolle spielen. In Paderborn, wo er 1618 als Novize bei den Jesuiten eintrat, absolvierte er den vorgeschriebenen dreijährigen Philosophiekurs. Er war gezwungen, diesen Kurs in Köln zu vollenden, da das Kolleg in Paderborn wegen der Kriegswirren des 30jährigen Krieges geschlossen werden musste. In Koblenz finden wir ihn 1623 als Lehrer für Griechisch am dortigen Jesuitenkolleg. 1628 wurde er zum Priester geweiht, nachdem er das Theologiestudium in Mainz absolviert hatte. Weitere Stationen in seinem Priester- und Forscherleben waren Speyer und Würzburg, wo er vor allem als Lehrer für Ethik, Mathematik und orientalische Sprachen tätig war. Eine Professur in Wien schlug er aus, weil zu gleicher Zeit eine Berufung an das Collegium Romanum (Gregoriana) in Rom erfolgte. Dort lehrte P. Athanasius Physik, Mathematik und orientalische Sprachen. In den Jahren 1637/38 finden wir unseren vielseitigen Jesuiten in Malta, wo er als Beichtvater des späteren Kardinals Friedrich von Hessen-Darmstadt tätig war. Um das Jahr 1641 begann ein neuer Lebensabschnitt für P. Kirchner, da er von allen seinen Lehrverpflichtungen entbunden wurde. Nun konnte er sich seinen umfangreichen wissenschaftlichen Interessen widmen.

Wenn wir auf das wissenschaftliche Wirken des Jesuiten schauen, werden wir einen Wissenschaftsbereich als Mittelpunkt seines Schaffens finden: die Philologie. Neben Griechisch und den orientalischen Sprachen widmete sich P. Kirchner seit seiner Zeit in Speyer besonders einer Sprache: der Hieroglyphenschrift der alten Ägypter. Es wird von einschlägigen Kurzbiographie-Portalen wie www.bautz.de   angegeben, dass P. Athanasius die Hieroglyphenschrift bei Entzifferungsversuchen mißverstanden habe, da er diese als eine verschlüsselte Bilderschrift verstand. Aber hier sollten noch einschlägige Nachforschungen erfolgen, um diese Behauptung zu verifizieren oder falsifizieren. Es scheint zumindest festzustehen, aß der gelehrte Jesuit Zusammenhänge zwischen dem Koptischen und den Hieroglyphen erkannte. Ein wichtiges Werk in diesem Bereich war das 1652-1654 erschienene Werk „Oedipus Aegyptiacus“. Zusätzlich zum Interesse an der ägyptischen Kultur interessierte ihn auch die Kultur Chinas. 1667 brachte er daher ein größeres Werk heraus, wobei er sich dabei hauptsächlich auf Berichte von Ordensbrüdern stützte.

Weitere Gebiete, mit denen sich P. Kirchner auseinandersetzte, waren die Musik und die Naturwissenschaften, wobei er sich bei letzteren besonders mit dem Magnetismus beschäftigte. Sein bekanntestes Werk zu diesem Thema heißt „Ars magnesia“ und wurde im Jahre 1631 das erste Mal veröffentlicht. Auch ist Athanasius Kirchner SJ ein sichtbares Zeichen in der Auseinandersetzung mit Galileo Galilei dafür, dass die Römisch-Katholische Kirche auch zur Zeit Galileis und Kirchners aufgeschlossen war für die Naturwissenschaften. Die römische Kurie war keinesfalls restriktiv im Behandeln naturwissenschaftlicher Probleme, wie immer wieder behauptet wird. Wissenschaftlern wie P. Kirchner wurden sehr viele Freiräume gegeben, um sich mit Galilei und den in diesem Zusammenhang stehenden „Problemstellungen“ zu befassen. In einem ausführlicheren Beitrag soll dies zu gegebener Zeit verdeutlicht werden. Ein wichtiges Kirchner´sches Werk ist in diesem Zusammenhang „Itinerarium exstaticum“  von 1656.

Kirchners ganze Aufmerksamkeit hatte einen wesentlichen Angelpunkt, nämlich die Einheitlichkeit der Schöpfungsordnung in Gott. Daher versuchte er diese Thematik von verschiedenen Gesichtspunkten aus zu behandeln und wissenschaftlich zu begründen. Von diesem Ausgangspunkt, der zugleich auch der Angelpunkt seines wissenschaftlichen Arbeitens war, aus ist seine Universalität in ihrer ganzen Tiefe zu verstehen.